1999年に6年ぶりのフルモデルチェンジで登場しました。この代より軽自動車の新規格に対応して衝突安全性を向上させ、運転のしやすさや快適性を向上させるべく、ボンネット付きのセミキャブオーバーとなりました。ボディデザインはイタリアのイタルデザイン・ジウジアーロが担当し、軽1BOXながら流麗なスタイルとなっています。

この代よりムーヴと同様に標準系とカスタム系の2本立てのラインナップとなり、カスタム系はより全高を低くスポーティーに見せるためにロールーフとなるのが特徴です。一方で標準系は従来通りハイルーフとなり、広々とした空間が特徴のRVとしています。
従来通りの4ナンバーのアトレーと、新たに登場した5ナンバーのアトレーワゴンの2本立てで登場し、当初は同一のラインナップでしたが、徐々にアトレーワゴンの方に集約されていき、4ナンバーのアトレーはマイナーチェンジで消滅し、ハイゼットカーゴのクルーズ(最上級グレード)を後継とする形となりました。

2000年には普通車版モデルとなるアトレー7が追加で新登場し、それまでダイハツの軽ワンボックスワゴンであったアトレーをベースに全長を伸ばして3列シートの小型ミニバンとしたモデルとなります。アトレーより370mm長く、エンジンも660ccから1300㏄に拡大されていました。

*アトレー 前期型

*アトレー7 前期型
登場時のモデルです。


*アトレー 後期型


*アトレー7 後期型
2001年のマイナーチェンジ(※アトレー7は2002年)で登場したモデルです。フロントデザインが変更され、4ナンバーのアトレーは消滅しました。

・5代目アトレーワゴン/S320系

2005年に6年ぶりのフルモデルチェンジで登場しました。従来型よりもボクシーで角ばったフォルムとなり、リアはテールランプとリアのナンバープレートがリアバンパーにビルトインされたデザインとなり、テールゲートの開口部を大きくさせました。

グレードが整理されて先代での売れ筋であったターボ搭載・エアロパーツ装着のカスタムターボ系のみのラインナップとなり、NA車や標準系は廃止されました。

また軽ワンボックス車で初のディスチャージヘッドランプを最上級グレードの「カスタムターボRS」に標準装備しています。

この代より工場移転によりそれまでの前橋工場での生産からダイハツ車体株式会社の大分(中津)工場にて生産される形となりました。

登場時のモデルです。

2007年のマイナーチェンジで登場したモデルです。フロントデザインの変更を受け、インパネデザインもそれまでのハイゼットカーゴと共通デザインから、アトレー専用デザインの上質感ある2トーンのものに一新されています。

2017年のビッグマイナーチェンジで登場したモデルです。自動ブレーキを含む衝突安全装備の「スマートアシストIII」とアイドリングストップのエコアイドルを全車に標準装備させ、安全性を大きく向上させました。

フロントとリアのデザイン、インパネも大きく変更され、先にモデルチェンジしたハイゼットトラックに合わせたものとなっています。

またフロントグリルがプロボックスやハイエースなどで使用している台形形状となり、フロントバンパーは左右下部を「コーナーピース」として分割化しており、損傷してもコーナー部分を交換するだけで済むような形としています。