2016年のマイナーチェンジで登場したモデルです。全車がホイールキャップとカラードバンパー化されてグレードアップが図られた他、ABSやキーレス標準化やシート生地変更などの装備の充実が行われたものの、それまでボンゴの特徴でもあった後輪ダブルタイヤ仕様が廃止されました。
また三菱向けOEMのデリカに続いて日産向けOEMのバネットの販売も終了し、マツダブランドのみでの販売となりました。
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：DX
最も基本的なグレードで、商用車としての実用性に徹したグレードです。
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DX 5ドア 3人乗り

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DX 5ドア 5/6人乗り
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DX 4ドア 3人乗り
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DX 4ドア 5/6人乗り
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DX 4ドア 3人乗り ルートバン

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DX 5ドア 3人乗り　ハイルーフ
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DX 5ドア 5/6人乗り　ハイルーフ
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DX 4ドア 3人乗り　ハイルーフ
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DX 4ドア 5/6人乗り　ハイルーフ
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DX 4ドア 3人乗り ルートバン　ハイルーフ


：GL
カラードバンパー・フルフラットシート・CDプレーヤーなどを装備した上級グレードです。
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GL 5ドア 5/6人乗り

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GL 4ドア 5/6人乗り
4th-bongo-2016---GL-H-1
4th-bongo-2016---GL-H-1s

GL 5ドア 5/6人乗り　ハイルーフ
4th-bongo-2016---GL-H-2
4th-bongo-2016---GL-H-2s

GL 4ドア 5/6人乗り　ハイルーフ

*特装車
4th-bongo-2016---DX--6w

クールバン